В 1991 году создан Марийский театр юного зрителя. С 2002 – являлся филиалом Марийского национального театра драмы им. М.Шкетана. В 2015 году Марийский ТЮЗ преобразован в самостоятельное Государственное автономное учреждение культуры Республики Марий Эл «Марийский республиканский театр-центр для детей и молодёжи», а в 2017 было возвращёно название - Марийский театр юного зрителя.
С середины 1990-х театр ставит спектакли на двух языках – марийском и русском. Значительная их часть адресована массовому зрителю, кроме этого в репертуаре театра имеются много спектаклей для юных зрителей и учащихся старших классов. Это – спектакли по пьесам классиков марийской и русской литературы, зарубежных авторов.
С первых дней своего существования театр активно сотрудничает с современными национальными драматургами, его по праву можно назвать театром современной марийской пьесы. В театре постоянно работает неформальное образование – творческая лаборатория молодого драматурга – которое в последние годы стало называться «У пьесе» («Новая пьеса»). Именно в Марийском ТЮЗе были поставлены пьесы-первенцы многих современных марийских драматургов.
В 1994 и 1996 гг. по приглашению общества «Финно-угрия» театр выезжал в Эстонию на празднование Дня национального героя и на сцене театра Вайнемуйне показал свои исторические спектакли «Князь Őртőмő» и «Болтуш» по пьесам молодого драматурга Г. Гордеева. В 1999 году авторы этой исторической трилогии – драматург, режиссёр и художник – стали лауреатами Государственной премии Республики Марий Эл.
В последние годы театр ведёт активную работу над циклом спектаклей «Жизнь замечательных людей». Постановки двух спектаклей из этого цикла о жизни и творчестве основоположников марийской литературы С.Г. Чавайна и Я.П. Майорова-Шкетана уже осуществлены.
Марийский театр юного зрителя участвовал в разных театральных фестивалях: «Бомба» (г. Нурмес, Финляндия, 1999), международный фестиваль спектаклей для детей и юношества «Божественная искорка» (г. Сыктывкар, 2000), международный фестиваль камерных спектаклей «Ламбушка» (г. Петрозаводск, 2002), международный фестиваль «Золотой конёк (г. Тюмень, 2006), «Коляда-Plays» (г. Екатеринбург. 2014). С 1997 года Марийский ТЮЗ является постоянным участником Международного фестиваля театров финно-угорских народов «Майатул», ежегодно с 2009 года принимает участие в фестивале русских театров «Мост дружбы» (г. Йошкар-Ола) и с 90-ых годов в фестивале «Йошкар-Ола театральная». В этих фестивалях не раз его спектакли оказывались в числе лучших.
Например, спектакли «Уроки музыки» (Л. Петрушевская) в 2002 г., «На дне» (М. Горький) в 2005 г. и «Рошто поран – Кугече йӱр» / «Буран в Рождество – Дождь в Пасху» по произведениям В. Козлова и З. Дёминой в 2014 году в постановке О. Иркабаева-Этайн на фестивале «Йошкар-Ола театральная» отмечены премиями Й. Кырли за лучшую режиссуру. В том же фестивале в разные годы за лучшее исполнение ролей награждались: Народный артист РМЭ А. Андрианов, Заслуженный артист РМЭ Александр Михайлин, Заслуженный артист РМЭ Сергей Мамаев, Заслуженная артистка РМЭ Любовь Купсольцева и другие, а Народная артистка РМЭ Светлана Никитина в номинации «Лучшая женская роль» побеждала трижды.В фестивале 2013 года в этой номинации победила актриса ТЮЗа Зинаида Долгова. В мае 2006 года в Международном театральном фестивале «Золотой конёк» (г. Тюмень) со спектаклем «На дне» труппа Марийского ТЮЗа стала лауреатом в номинации «За лучший актёрский ансамбль». В ноябре 2012 года по итогам Международного фестиваля русских театров России и зарубежных стран «Мост дружбы» награждены: артист Александр Кожевников дипломом в номинации «Лучшая мужская роль» («Про Федота-стрельца, удалого молодца», роль Царя); артист Игорь Актуганов – специальным дипломом в номинации «Лучшая роль второго плана» («Про Федота-стрельца, удалого молодца», роль Скомороха): художник-постановщик Валерий Чеботкин – специальным дипломом в номинации «Лучшая сценография» («Про Федота-стрельца, удалого молодца»): актёрский ансамбль театра –специальным дипломом в номинации «Лучший актёрский ансамбль» («Про Федота-стрельца, удалого молодца»).
В 2005 году за современное прочтение и ансамблевое исполнение образов в спектакле «На дне» пять актеров театра – Народный артист РМЭ А. Андрианов, Залуженная артистка РМЭ С. Гладышева, артисты А. Михайлин, С. Мамаев, Э. Чирков – стали лауреатами Государственной премий Республики Марий Эл. В 2010 году четыре актёра театра – А. Мамаева, С. Мамаев, Л. Купсольцева, Л. Рыбакова – стали лауреатами Государственной молодёжной премий им. О. Ипая в номинации "Театральное искусство, актёрское мастерство" за роли, сыгранные в спектаклях «Вишнёвый сад» и «Чодыраял Элыксандр». Надежда Пашкина в этом же году стала лауреатом Государственной молодёжной премий им. О. Ипая в номинации "Музыка, исполнительское искусство" за концертную програму "Чон ÿжеш йöраташ" ("Душа зовёт любить") и сольные выступления в концертных программах. В 2013 году лауреатом Государственной премий РМЭ стала народная артистка РМЭ Светлана Никитина за исполнение роли Марпы в моноспектакле «Марпа».
С первых лет своей работы театр считает важным направлением гастрольную деятельность. В 2002 театр выиграл грант Президента РФ В.В. Путина на проведение гастролей. Маршруты гастролей пролегают не только по территории Республики Марий Эл, но и по местам компактного проживания марийцев в Татарстане, Башкортостане, Удмуртии, а также в Кировской, Нижегородской, Свердловской областях, Пермском крае и других регионах России.
